Во третата сезона, тимот на Антитерористичката единица (АТЕ), ќе се соочи со опасниот вирус Коредлија, кој е генетски модифициран и убива за три часа. Теористот Стивен Сандрес, поранешен колега на Џек Бауер, ослободува дел од вирусот во елитниот хотел Плаза, каде половина од гостите умираат во рок од еден час. Во потрага по вирусот, Џек го ослободува познатиот криминалец и дилер Рамон Салазар и го носи во Мексико кај неговиот брат Хектор, со цел да дојде до Украинецот Мајкл Амадор, кој го продава вирусот на црниот пазар. Но, за вирусот ќе се заинтересира и стариот непријател на Џек, Нина Маерс, која ѓе стори се да дојде до него. За да дојде до Стивен, Џек ќе ја искористи и неговата ќерка Ким, која сега работи за него во АТЕ, а ќе се соочи и со најтешката одлука во животот кога станува збор за колегите.
Претседателот Дејвид Палмер станува мета на уцена на Стивен, кој од него ќе бара невозможни услови за да не го ослободува вирусот, а од друга страна, закана ќе му стане и довчерашниот спонзор на неговата претседателска кампања, Алан Миликан. Во борба и со политичките противници, Дејвид единствена помош гледа во неговиот брат Вејн. Белата куќа ќе биде вмешана и во убиство, зад кое стои поранешната Прва дама Шери Палмер и која го има клучниот доказ со кој може да го собори поранешниот сопруг од претседателската функција. Sekoj cetvrtok i nedela od 21 casot !